Конвертация файлов из одной кодировки в другую.

Перекодировать файл

iconv -t CP1251 -f UTF8 -o index.php.2 index.php

Перекодировать все файлы в текущем каталоге

find . -type f -exec recode CP1251..UTF8 {} \;

команда не только меняет кодировку, но и убирает <CR><NL> ('\r\n' заменяет на '\n')